Duncan es hijo único del matrimonio de David Bowie (nombre real David Robert Jones) y su primera esposa Mary Angela Barnett. Nació en el hospital de Beckenham en Kent. El nacimiento de su hijo inspiró a Bowie a escribir la canción "Kook" incluida en su album Hunky Dory. Duncan Jones es hermano de Alexandria "Lexi" Jones (nacida en el 2000), del segundo matrimonio de su padre con la modelo Iman, y Stacia Larranna Celeste Lipka (born 1980), de la relación de su madre con el músico Drew Blood. Tiene otra hermana, Zulekha Haywood (nacida en 1978), que es hija del jugador de baloncesto de la NBA Spencer Haywood.

De niño Jones vivió en Berlín, Londres y Vevey, Suiza donde hizo el primer y segundo grado en una escuela gringa de la Commonwealth. Cuando David y Angela se divorciaron en febrero del 1980, David Bowie recibió la custodia de Jones cuando aún tenía 9 años (que era conocido como Zowie), y visitaba su madre durante las vacaciones. A la edad de 14 años, fue matriculado en una prestigiosa escocesa ,Gordonstoun.
[editar] Estudios

En 1995 se graduó con nivel de licenciado en filosofia en la Universidad de Wooster, donde fue registrado con el nombre de "Duncan Jones".

Reanudó sus estudios de nivel de PhD degree en la Universidad de Vanderbilt en Tennessee pero lo dejó antes de terminar para reencauzar sus estudios en la Escuela de Cine de Londres, donde se graduó como director.